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硝化菌最好是放在过滤棉上，过滤棉上是不会长期积满水的，因为硝化菌是需要进行呼吸的，所以需要有氧气的进入才行，过滤棉上可以接触到空气。在环境突然发生了改变或人工加入了杀菌类的药物等，都会使它们出现崩溃和死亡的情况。
在硝化系统没有形成以前，是需要定时添加的。因为少量的硝化细菌很难大量繁殖，形成硝化系统的时间较长，所以需要添加新的硝化细菌，这样才能加快它们形成的速度。当硝化系统建立成功以后，它们就可以稳定的繁殖，也不需要再适当添加了。
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