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硝化菌最主要作用就是净化水质。鱼缸内的硝化细菌可以分解有机物，让水中的杂质减少，起到改善水质的作用。
在鱼缸中，鱼类的粪便会释放出氨氮等有害物质，这些氨气会对其中鱼类的健康造成比较大的危害。此时，硝化菌就可以起到降低水中氨浓度的作用，减少对鱼类的影响。
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