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硝化活菌可以转化水中的氨氮，将其变为亚硝酸盐，并进一步变为硝酸盐，同时产生的物质还能作为水生植物的养分。硝化活菌还可以分解水中的有机物，从而起到清理杂质、改善水质的作用。
此外，硝化活菌可以起到降低水中氨浓度的作用，避免氨气对鱼造成太大的影响。如果要培养硝化活菌的话，每周需要倒入适量的培养液，之后要关灯爆氧一段时间，促进它的生长繁殖，等到水体浑浊又清澈后，硝化系统就已经建立完成。
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