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最常用的硝化细菌是硝菌科的硝菌属，特别是硝菌属的硝菌。它们的种类繁多，可以在各种环境中生存，可以在高水温和低水温下均能繁殖和分解有机物。
硝化细菌的存活需要水分，还需要很多的氧气，这就是为什么我们的鱼缸为什么要放那么多生化棉、生化球、细菌屋、玻璃环、陶瓷环等各种有微孔的滤材，同时在培养硝化细菌的时候还需要爆氧的原因了。只有同时满足了水分与氧气的供应，它们才能存活。硝化细菌最适宜在弱碱性的水中生活，在温度达到25度左右时生长繁殖最快。
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