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硝化细菌主要通过来自水体中的有机物为营养来源，它们能够利用水体中的有机物，如糖、蛋白质、脂肪和氨基酸，来进行硝化作用，从而产生能量。硝化细菌还可以利用水体中的硝酸盐源作为营养来源，如氮源和磷源。此外，细菌还能利用硝酸盐和硫酸盐源作为营养源，如硫酸钠和硫酸钙。
硝化细菌不会附着在光滑的表面。所以很多鱼友在过滤系统很薄弱的情况下，无论加多少硝化细菌都是没有用的。
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