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硝化菌的菌长可分为三种：杆状菌、球状菌和椭圆菌。杆状菌拥有细长、曲折的形状；球状菌的形状呈圆形；而椭圆菌的形状则呈椭圆形。
市场上有很多的硝化细菌，一般分为两种。液体的和粉末状的。液体的硝化细菌是活菌，加到鱼缸里可以直接开始工作。粉末状的硝化细菌是有休眠期的，一般加入鱼缸五天之后才会苏醒，然后开始工作。所以相比较来说，液体的更适合快速开杠，粉末状的适合日常维护使用。
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