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生态硝化菌主要用于水体净化，它可以分解水体中的有机物，如硝酸盐、氨氮、磷酸盐等，使水体更加清澈，健康。
硝化菌一般的应用有：
1、改善污染水体的水质；
2、改善污水处理设施的水质；
3、降低污水排放对环境的影响；
4、为水生生物提供更好的生存环境；
5、降低水体中的有害物质，改善水体环境质量。
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