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活体硝化细菌可以帮助处理污水和污染物，可以促进水的净化。另外，活体硝化细菌也可以用于制造某些肥料，如氨基酸肥料，以及肥料中的氮和磷元素。
水中硝化细菌通常依靠氧化还原反应来获取能量，其代谢产物是氧气和氨气，氨气可经由进一步的生化反应转化为其他有机物质，从而为硝化细菌提供营养。此外，硝化细菌还可以利用多种有机物质作为其营养来源，这些有机物质可以从水体中的有机物质源中解放出来。
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