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鱼缸硝化细菌可以转化水中的氨氮，将其变为亚硝酸盐，并进一步变为硝酸盐，这样就可以改善水质，还可以保持水质清洁。硝化细菌还能氧化鱼缸中的氨，还能分解鱼缸中的残渣，减少对鱼类的影响。
如果要培养硝化细菌的话，每周需要倒入适量的培养液，之后要关灯爆氧一段时间，不过这种建立方式所需的时间比较长，而且建立起来也很困难。可以提前加入硝化细菌，等硝化系统完善以后，再将鱼类放进去饲养。另外，硝化细菌是可以自行繁殖的，当它们形成一个良好的生态系统后，就不需要再加入了。
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