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可以用植物提取物、细菌混合物和微生物混合物来代替硝化菌。
硝化细菌不仅仅在开缸的时候添加，在日常的水质维护中，也应定期添加硝化细菌。因为鱼缸体较小，无法像大自然那样通过强大的生物系统内部自我调节并保持稳定，鱼缸的消化系统比较脆弱，很可能因为一些微小变化造成巨大的影响。硝化细菌可以在正常养殖中适时地补充，来抑制其他细菌的滋生，从而达到预防细菌性疾病的效果。
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