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硝化细菌在放置时，是会用到玻璃环等工具。若是液体的硝化菌，可以取适量放在玻璃环上。若是胶囊状的硝化菌，则可以将胶囊打开，将其中的内容物撒到过滤槽中，之后它们就可以自行溶解于水中了。等待一段时间之后，鱼缸中会形成一个完善的硝化系统，但有时候等待的时间会比较长。
在硝化系统形成之后，一般来说是不用定期放入硝化细菌的。不过，这个系统也有它的承受范围，若是环境的变化超过了它的承受范围，那么它就会被破坏。
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