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硝化细菌有多种形态，球形、杆状、螺旋状等，但所有硝化细菌都是革兰氏阴性菌，没有孢子。有些物种有鞭毛可以移动，比如亚硝化单胞菌可以带鞭毛移动，有些有鞭毛却不能移动，比如硝化纤维菌，有些只在海水中发现，比如硝化球菌和硝化纤维菌。
硝化细菌是一类常见的细菌，包括两个完全不同的代谢类群，即亚硝化菌、亚硝化菌、亚硝化菌、硝化子囊菌等。硝化细菌是专性好氧细菌，两者在氧化过程中都以氧气作为最终的电子受体。
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