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目前硝化细菌种类仅有两种，分别是亚硝酸菌以及硝酸菌。其中亚硝酸菌有亚硝化单胞菌、亚硝化球菌、亚硝化螺菌、亚硝化叶菌等，硝酸菌有硝化杆菌、硝化球菌、硝化囊菌等，两类硝化细菌都是专性好氧菌，在氧化过程中均以氧作为最终电子受体 。
另外，硝化细菌的形态多种多样，例如球状、杆状、螺旋状等，但所有硝化细菌都是无芽孢的革兰氏阴性菌，有些种类有鞭毛能运动，例如亚硝化叶菌能借周身鞭毛运动，有些有鞭毛但不能运动，例如硝化刺菌，有些仅发现于海水中，例如硝化球菌、硝化刺菌等 。
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