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硝化活菌一般是用来养鱼的，当发现鱼缸里的水质比较浑浊的话，就可以在鱼缸里放一些，它可以降低水中的氨氮和亚硝酸盐的浓度，从而达到改善水质的作用。
现在市面上贩卖的硝化菌活菌及休眠菌两种，硝化菌活菌是利用细菌的活体制成，在显微镜的观察下，可看到它们的活动情形。硝化休眠菌是利用休眠菌制成，在显微镜的观察中，它们是不会运动的，在使用硝化活菌的时候，不要和消毒杀菌的药剂一起使用，这样会对鱼缸里的鱼儿造成伤害。
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