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硝化菌放多了会导致水体硝酸盐含量过高，影响水体生态环境，影响水生动植物正常生长繁殖。另外，高浓度硝酸盐会直接对人体健康造成危害，可能引发皮肤过敏、呼吸道疾病和消化道疾病等。
硝化菌在自然环境中广泛存在，其生存条件需要水分和氧气，只有同时满足这两个条件硝化菌才能存活。硝化菌在泥土、沙粒、生化棉、生化球、玻璃杯、陶瓷环等各种有微孔的滤材中能大量繁殖，适宜在弱碱性的水中生活，在温度达到25°C左右时生长繁殖较快。
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