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1.净化水质：硝化菌的主要作用是净化水质。在养鱼的过程中，保持水质良好是一项重要的任务。除了换水，还有一个利用硝化菌的好方法。硝化细菌可以分解一些有机物，清理水中的杂质，改善水质。
2.降低水中的氨浓度：有时养殖池塘或水中会有较多的氨，对鱼的健康会造成很大的危害。此时硝化菌可以起到降低水中氨浓度的作用，避免氨对鱼类的巨大影响。
3.调节水中微生物的平衡：水中的细菌种类繁多，所以维持水中微生物的平衡非常重要，而硝化细菌就能起到这样的作用。
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