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兽用氟苯尼考注射液主要治疗敏感菌引起的猪和鸡的细菌性疾病，如猪传染性胸膜肺炎、沙门氏菌引起的伤寒和副伤寒。还可用于治疗鸡霍乱、鸡白痢和大肠杆菌病。
氟苯尼考属于酰胺醇类广谱抗菌剂，对多种革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和支原体具有较强的抗菌活性。氟苯尼考主要是一种抑菌剂，通过与核糖体50S亚基结合抑制细菌蛋白质的合成。氟苯尼考对多种微生物的体外抗菌活性与氯霉素和甲砜霉素相似或更强。一些由于乙酰化而对氯霉素耐药的细菌，如大肠杆菌和肺炎克雷伯菌，可能仍然对氟苯尼考敏感。溶血性巴氏杆菌、多杀性巴氏杆菌和胸膜肺炎放线杆菌对氟苯尼考高度敏感。
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