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蝌蚪的颜色多样，受物种、环境和发育阶段影响，常见类型包括：
黑色系：多数蛙类蝌蚪为深黑色或灰黑色，如中华蟾蜍、牛蛙蝌蚪，背部常有不规则深色斑纹，腹部略浅。这种颜色利于在水底淤泥或阴影中隐蔽，减少天敌（如鱼类、蜻蜓幼虫）捕食。
褐色或黄褐色：部分树蛙、雨蛙蝌蚪呈浅褐色，带深褐色斑点，与溪流中的沙石颜色相近，如中国雨蛙蝌蚪。
透明或浅色：某些水生环境清澈的物种（如部分水蛙），蝌蚪身体半透明，内脏清晰可见，体色接近水体，如华南湍蛙蝌蚪。
红色或橙色：少数种类（如智利达尔文蛙）蝌蚪因血液色素呈现橙红色，或在尾部有红色斑纹，可能用于警示天敌自身有毒。
混合色：一些蝌蚪背部为深色，尾部边缘或腹部呈浅色（如白色、黄色），如泽蛙蝌蚪尾部有浅色镶边，游动时形成视觉干扰，迷惑捕食者。
蝌蚪体色还可能随环境改变 —— 如栖息于腐殖质丰富的水域，体色可能更深；光照充足的浅水区，体色可能更浅。发育后期（后肢长出阶段），部分种类会逐渐出现成体的色斑雏形，为变态发育做准备。
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