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蝌蚪的甲状腺位于咽部下方、靠近胸部的位置，紧贴在气管两侧，是一对椭圆形的腺体结构。在蝌蚪的变态发育过程中，甲状腺分泌的甲状腺激素起着关键作用，它能促进尾部退化、四肢发育以及内脏器官的重塑。
当甲状腺功能异常时（如缺乏碘元素），蝌蚪可能无法正常完成变态，出现体型异常增大、尾部不退化的 “大蝌蚪” 现象。这一特征在生物学实验中常用于研究激素对发育的调控作用。随着蝌蚪发育为成蛙，甲状腺的位置和功能保持稳定，继续参与新陈代谢和生长调节。
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