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蝌蚪体色多为深褐色至黑色，部分种类具金色斑点或条纹。这种颜色有助于伪装，避免被鱼类等天敌发现。黑色素细胞在体表密集分布，尤其在背部和尾部。部分蝌蚪（如红肚蟾蜍）的腹部呈红色，形成警戒色。
体色受环境影响，清澈水域中的蝌蚪可能较浅，而浑浊水域中的个体则更深。变态过程中，体色逐渐转为成体模式，如绿色、棕色或斑驳花纹。人工繁殖时，可通过控制光照和背景色调整蝌蚪体色。
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