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长棘海星是主要以珊瑚为食的海星种类，尤其偏爱造礁珊瑚。它们以珊瑚虫的活体组织为食，会爬到珊瑚上，用管足固定身体，再将胃翻出包裹珊瑚虫，分泌消化酶分解后吸收养分。
这种海星对珊瑚礁生态系统威胁极大，爆发时能在短时间内大量啃食珊瑚，导致珊瑚白化甚至死亡。在澳大利亚大堡礁等区域，长棘海星的过度繁殖已成为珊瑚礁退化的重要原因之一，需通过人工清除等方式控制其数量，保护珊瑚生态。
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