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果蝇的发育过程属于完全变态发育，经历卵、幼虫、蛹和成虫四个阶段。雌果蝇会将卵产在腐烂的水果或其他发酵的有机物上，卵很小，通常需要借助显微镜才能看清。经过一段时间孵化后，卵会发育成幼虫，幼虫呈白色，无足，身体柔软，它们会在食物中不断进食和生长，经过几次蜕皮后，幼虫会停止进食，寻找一个合适的地方化蛹。
在蛹期，果蝇的身体会发生剧烈的变化，内部器官重新组合，外部形态也逐渐变成成虫的样子。最后，成虫从蛹中羽化而出，刚羽化的果蝇身体柔软，翅膀尚未展开，经过一段时间后，会逐渐发育成熟，具备繁殖能力，开始新一轮的生命周期。
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