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果蝇的颜色多样，通常以黄褐色或黑色为主，部分因突变会呈现其他颜色。
黄褐色：多数果蝇呈现黄褐色，如黑腹果蝇，其身体主体为黄褐色，腹部有黑色条纹， thorax（胸部中间部分）有两条较深的色带，使其外观具有格子状的特征。
黑色：一些果蝇种类或个体为黑色，如黑檀体突变型果蝇，其身体颜色为黑色，与野生型的黄褐色形成鲜明对比，这种黑色突变体在遗传学研究中常被用作实验材料。
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