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蝙蝠的形成是长期生物进化的结果。大约在 5000 万年前，其祖先可能是树栖的小型哺乳动物，为获取更多食物、躲避天敌，逐渐开始尝试从一棵树滑翔到另一棵树。在漫长演化中，它们的前肢逐渐伸长，指间长出皮膜，形成独特的翼膜结构，骨骼变得轻盈且中空，胸肌愈发发达，最终具备真正的飞行能力 。
为适应夜间活动，蝙蝠演化出回声定位系统，能发出高频声波，通过接收反射声波感知周围环境、定位猎物和躲避障碍物。同时，其免疫系统也发生改变，可与多种病毒长期共存而不发病，这一特性可能是在进化过程中，为应对飞行带来的高代谢和细胞损伤，免疫系统不断调整的结果。在分化过程中，蝙蝠形成众多不同种类，适应了多样的生态环境。
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