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蝙蝠是多种病毒的自然宿主，携带了大量不同类型的病毒。例如，狂犬病病毒，蝙蝠是其重要的储存宿主之一，人若被携带该病毒的蝙蝠咬伤，可能感染狂犬病。另外，蝙蝠还携带冠状病毒，如导致严重急性呼吸综合征（SARS）的冠状病毒以及中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒的近亲，2019 新型冠状病毒也被认为可能起源于蝙蝠。
此外，蝙蝠还可能携带埃博拉病毒、马尔堡病毒等烈性病毒。虽然蝙蝠携带多种病毒，但在自然状态下，它们一般不会将病毒直接传播给人类，多是通过中间宿主或人类与蝙蝠的密切接触才导致病毒传播。
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