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小熊猫不属于浣熊科。过去因外形相似，小熊猫曾被误归浣熊科，后经分子生物学和形态学研究，独立为小熊猫科（Ailuridae），仅含小熊猫一属一种。
它与浣熊科动物在头骨结构、牙齿特征等方面差异显著，比如小熊猫吻部较短，臼齿更适应咀嚼植物，而浣熊吻部较长，食性更杂。二者地理分布也不同，小熊猫主要栖息于喜马拉雅山脉东部及中国西南山区，浣熊则分布于美洲，亲缘关系较远。
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