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中国水牛起源于本土，是世界上最早驯化水牛的国家之一。研究表明，沼泽型水牛是中国水牛的主要类型，约在距今 7000 年以前，在长江中下游地区被驯化，可能伴随着水稻栽培农业出现。
随着水稻农业文明的扩展，水牛扩散到中国南方其他地区。近年 mtDNA 变异分析结果也支持这一观点，而河流型水牛则起源于印度。
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