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已经灭绝的企鹅包括卡氏古冠企鹅和厚企鹅。
卡氏古冠企鹅：这是一种已灭绝的古冠企鹅属，大小与南极古冠企鹅相似，比现今的皇帝企鹅稍大。它们的遗骸在南极西摩尔岛的La Meseta组被发现，可以追溯到始新世晚期。这种企鹅的栖息环境是一个温暖地区，气候与现今南美洲南部火地岛相似。研究人员分析，卡氏古冠企鹅能够在水中持续40分钟，有充分的时间捕鱼。
厚企鹅：这是一种已灭绝的企鹅，属于厚头企鹅属，属内只有一个物种。它们的遗骸包括从新西兰奥塔哥大区发现的一些始新世晚期骨头，及在近卡菲亚港发现的一个标本。厚企鹅高约1.4-1.6米，重约80-100公斤，是已知第二高的企鹅。它们的脂肪能源效率比较高，这一脂肪层是企鹅日常活动、保持体温和抵御寒冷的主要能源。
除了这两种企鹅，可能还有其他已经灭绝的企鹅种类，但具体的数量和种类可能还需要进一步的研究和确认。同时，需要注意的是，这些企鹅的灭绝可能与气候变化、环境变化、人类活动等多种因素有关，保护现有的企鹅种类和栖息地是非常重要的。
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