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蝌蚪主要通过鳃进行呼吸，这是其幼体阶段适应水生生活的关键特征。它们包括早期外鳃和后期内鳃。外鳃在刚孵化时可见，随后退化并发育出内鳃，通过鳃丝中的微血管实现水中气体交换。
呼吸动作依赖水流，水从口进入，经鳃裂流出，过程中氧气被吸收，二氧化碳排出；一般来说，变态发育后期的部分蝌蚪（如黄豆粒大小后）就可以开始尝试肺呼吸，但鳃仍是主要器官，直至完全变态为青蛙。
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