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雄果蝇的染色体组成是 6 条常染色体和 1 条 X 染色体、1 条 Y 染色体，可表示为 6 + XY。果蝇的染色体数目较少，共有 8 条染色体，其中常染色体成对存在，分别是 Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ 号染色体，每对染色体形态和大小基本相同。
性染色体为 X 和 Y，与性别决定有关，雄果蝇的性染色体组成为 XY，而雌果蝇的性染色体组成为 XX。这种染色体组成决定了果蝇的性别和许多遗传特征，科学家通过对果蝇染色体的研究，在遗传学领域取得了许多重要的成果，果蝇也因此成为遗传学研究的重要模式生物。
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