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果蝇体型显著小于苍蝇，以常见种类为例：果蝇（如黑腹果蝇）体长 1.5-4 毫米，相当于小米或绿豆大小，肉眼需仔细观察；苍蝇（如家蝇）体长 6-12 毫米，约为果蝇的 3-6 倍，体型接近花生，肉眼可清晰分辨细节。
这种差异与食性相关：果蝇依赖微小腐烂果实，小型化便于活动；苍蝇适应腐肉、粪便等较大食物源，体型更大利于远距离飞行。
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