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果蝇是一个庞大的昆虫类群，包含多个物种，不能简单地说果蝇是或不是外来物种，部分物种属于外来物种。果蝇广泛分布于世界上几乎所有的亚热带以及热带地区，在非洲、欧洲中南部、亚洲中南部、美洲中部、拉丁美洲以及大洋洲等都有其踪迹，旧大陆热带，特别是东洋区，被认为是果蝇的重要起源和分化中心。
在中国，果蝇的分布范围也很广泛，北起黑龙江、南至南海诸岛、东抵沿海地区、西到青藏高原均有分布。像斑翅果蝇，在我国广西、贵州、河南、湖北、云南、浙江等地均有分布，这类在我国本土自然分布的果蝇不属于外来物种。
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