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果蝇的发育过程属于完全变态发育,经历卵、幼虫、蛹和成虫四个阶段。雌果蝇将卵产在腐烂的水果或其他发酵的有机物上,卵很小,呈椭圆形。卵孵化后成为幼虫,幼虫有三龄,会不断进食并蜕皮长大,以腐烂的有机物为食。

经过一段时间的生长,幼虫会化蛹,在蛹中进行身体结构的重塑和转变。最后,成虫从蛹中羽化而出。刚羽化的果蝇身体柔软,翅膀未展开,经过一段时间后会逐渐成熟,具备繁殖能力,从而开始新的生命周期。
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