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果蝇眼睛颜色主要由基因决定。在果蝇中，存在多个与眼色相关的基因。例如，红眼基因是显性基因，白眼基因是隐性基因。如果果蝇携带了红眼基因，通常会表现为红眼；当两个隐性的白眼基因组合在一起时，果蝇就会表现为白眼。
此外，还有一些其他基因会影响眼色的深浅和色调等细微差异。这些基因通过控制色素的合成、运输或沉积等过程，来决定果蝇眼睛的颜色。环境因素对果蝇眼色也有一定影响，但相对较小，主要还是基因在起主导作用。
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