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果蝇棒状眼形成的原因深藏于其遗传物质的变化之中，特别是X染色体的结构变异。具体来说，这种变异表现为X染色体上某个特定区段，例如16A区段，发生了重复现象。
这种重复并非简单的复制粘贴，而是增加了某个具有特定遗传信息的相同片段。这一变化对于果蝇的眼部发育产生了深远的影响，导致其复眼从正常的椭圆形逐渐转变为独特的条形“棒眼”。
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