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雄果蝇的性染色体组成通常是XY。在果蝇的性别决定系统中,X染色体与常染色体组数目的比例(X:A)决定了果蝇的性别表现型。如果X:A的比例小于或等于0.5,果蝇表现为雄性;如果比例大于或等于1,果蝇表现为雌性。

值得注意的是,果蝇的Y染色体并不直接参与性别决定,而是影响雄果蝇的育性,有Y染色体的雄果蝇是可育的,而没有Y染色体的雄果蝇则是不育的。
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