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熊猫基地和中心在存在目的、主管部门和地理位置上存在区别。
1、存在目的：熊猫基地是为了研究、保护和繁育熊猫而设立的机构，而中心更多的是作为一个研究和教育中心存在，致力于大熊猫的保护和公众教育。
2、主管部门：熊猫基地的主管部门是住建部，而中心的主管部门为林草局（副部级），由林草局直管。
3、地理位置：熊猫基地位于中国，而中心的前身，中国大熊猫研究中心，则位于四川省汶川卧龙特别行政区。
总的来说，熊猫基地和中心在诸多方面存在显著的区别。
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