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蝙蝠是多种病毒的自然宿主，携带了大量不同类型的病毒。比如，著名的狂犬病病毒，蝙蝠是其重要的宿主之一，人若被携带该病毒的蝙蝠咬伤，就有感染狂犬病的风险。还有埃博拉病毒，研究发现蝙蝠可能在埃博拉病毒的传播和维持中起到关键作用。
另外，冠状病毒在蝙蝠中也广泛存在，像中东呼吸综合征冠状病毒（MERS - CoV）和严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS - CoV）的近亲都能在蝙蝠体内找到。这些病毒在蝙蝠体内通常不会引发严重病症，但一旦传播到其他动物或人类身上，就可能导致严重的疾病。
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