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蝙蝠携带多种病毒，蝙蝠是冠状病毒的重要宿主，多种蝙蝠冠状病毒与人类和动物疾病相关。例如，严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS - CoV）的天然宿主被认为是蝙蝠，果子狸等动物可能是中间宿主，在病毒从蝙蝠传播到人类的过程中起到了桥梁作用。
此外，中东呼吸综合征冠状病毒（MERS - CoV）也可能起源于蝙蝠，骆驼是其传播给人类的重要中间宿主。还有新型冠状病毒（COVID - 19），研究表明其与蝙蝠体内的冠状病毒有很高的相似度。
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