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巢鼠属小型鼠类,体长5~8厘米,体重8g左右,体型比小家鼠更小,耳壳短而圆,向前拉仅达眼与耳距离之半,耳壳内具三角形耳瓣,能将耳孔关闭。尾细长,多数接近体长或长于体,乳头4 对,胸部2对,腹部2对。

巢鼠头骨狭小,脑颅较隆起,颧弓细弱,颧弓比小家鼠窄,鼻骨比小家鼠短小,鼻骨后缘达不到前颌骨后缘连线,无眶上嵴和颞嵴,巢鼠顶骨和顶间骨的联合缝在中部平直,巢鼠两侧成两钝角而小家鼠顶骨和顶间骨的缝不平直而成一锐角。
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