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由于病毒性口炎和细菌性等导致的口炎临床症状十分相似，因此鉴别诊断最好的方式就是做病毒核酸检查，如果发现杯状病毒，即可确诊为病毒性感染导致的口炎。
临床上，病毒性口炎的治疗原则主要包括优化口腔卫生、控制病毒繁殖以及提高猫咪的抵抗力等，主要的治疗方案通常包括，使用干扰素以及一些增加抵抗力的药物，其他治疗方案包括激素治疗以及免疫抑制剂进行治疗。症状严重者，可以选择全口拔牙手术进行治疗。
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