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密西西比地图龟在处于幼龟阶段的时候，是不容易区分雌雄的。一般来说，起码在养殖两三年之后，才比较容易区分雌雄。区分密西西比地图龟雌雄主要可以从以下几个方面进行。
1、雄密西西比地图龟和雌密西西比地图龟的外观方面有比较大的差异。尤其是是它们的尾巴，雄密西西比地图龟的尾巴会比较粗大，但雌密西西比地图龟的尾巴则相对来说细短一些。
2、密西西比地图龟的排泄孔位置有差异，雄密西西比地图龟的排泄孔位置比较接近尾巴，雌密西西比地图龟的排泄孔离尾巴则会远一些。
3、密西西比地图龟的腹甲也是有区别的，雄密西西比地图龟的腹甲上有比较明显的凹陷，而雌密西西比地图龟的腹甲上则没有凹陷的部分。
4、看密西西比地图龟肚子下面的花纹，花纹多的是雌密西西比地图龟，花纹少的是雄密西西比地图龟。
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