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黄腹滑龟区分公母看尾巴是最直观的，母龟的尾巴短小，屁股一般在龟壳半径的里边，公龟的尾巴粗大，屁股在龟壳半径的外边，而且比较明显。公龟的背甲一般更长而母龟的背甲一般更圆。这个区别可能跟母龟摄取的食物更多，或者体内能存储更多的龟蛋而形成的。这个办法不是很准确。这种区分往往野生的龟更明显。
公龟的腹甲呈现凹型，就是说腹甲不是平的，而是靠近尾巴的地方是凹下去的。母龟的腹甲就是平的，而且有些加温饲养的龟甚至是凸出来的。
将黄腹滑龟的腹甲朝上，左手的大拇指、食指二中指分别将龟的前肢、头压迫缩入壳内，右手将龟的尾摆直，若龟的泄殖腔孔内有黑色的阴茎伸出，则为雄性；若龟的泄殖腔孔排出泡泡或稀粘液，则为雌性。
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