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斑马鱼品种约有10多种，主要区别在条纹和色彩上，也有鳍行上的变化。如有长鳍斑马鱼、金丝斑马鱼、闪电斑马鱼、大斑马鱼等。
另外，有些斑马鱼是通过生物学家们的实验培育出来的，例如转基因斑马鱼。这些斑马鱼具有特别的颜色，例如在glofish.com网站上可以看到一些颜色很特别的斑马鱼。
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