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变色龙的变色原理是色素变色和晶体折射变色。变色龙变色的原理有两种理论，第一种是色素变色。变色龙的皮肤中有三层色素细胞。在神经的刺激下，每一层色素细胞中的色素会实现混合和转化，从而导致变色。
第二种是晶体折射变色。在变色龙皮肤的彩虹细胞层中有一种叫做“光子晶体”的纳米物质，变色龙通过调整这些“光子晶体”进而来改变光的折射从而改变颜色。一般来说，当光子晶体密集时，它折射蓝光，而当光子晶体松散时，它折射其他颜色，如黄色和红色等等。
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