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仓鼠能携带的病毒较少，但是所能携带的病原微生物较多，包括仓鼠在内的很多啮齿动物都携带有很多感染力极强的病菌、病毒、病原微生物。当然有但是不限于狂犬病毒、寄生虫、鼠疫杆菌，这些疾病都会传染，而且很容易传染给人。
例如，鼠疫就是一种人兽共患类传染病，这种疾病一般先流行于鼠类及其它野生啮齿动物之间，然而也会传染给人。但是我们平时饲养的仓鼠感染以上疾病的可能性较少，所以只要用心饲养，保证生活环境，一般是没有太大问题的。
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