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仓鼠一般在出生后 2 - 3 周左右就可以分辨公母。在这个阶段，仓鼠的性别特征开始逐渐明显。对于大多数仓鼠品种来说，可以通过观察它们的生殖器来区分公母。公仓鼠的生殖器离肛门较远，且中间有毛；母仓鼠的生殖器离肛门较近，两者之间的距离较短，并且没有毛。
此外，随着仓鼠的生长，到了 4 - 5 周左右，公仓鼠的睾丸会逐渐明显，这也是区分公母的一个重要特征。在仓鼠较小的时候分辨公母可能需要一些经验和仔细观察，但掌握了方法后，通常还是比较容易区分的。准确区分仓鼠的公母对于仓鼠的饲养管理和繁殖计划都非常重要，例如避免同性仓鼠打架，以及合理安排繁殖等。
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