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鸽子球虫病的确诊需要结合日常状态观察以及实验室检查两个部分。从日常状态来看，发病之后的鸽子精神状态变差，采食量有所下降，粪便会出现异常，部分鸽子排出稀便或者带黏液的粪便。仅依靠外在的状态表现，不能够直接完成疾病的判定。
粪便镜检是确诊鸽子球虫病很关键的方式。采集新鲜的鸽子粪便样本之后，在实验室借助显微镜进行观察，如果在样本当中查到球虫卵囊，就可以作为重要的确诊依据。采样的时候尽量选取新鲜排出的粪便，保证检查结果的参考价值。
养殖过程当中，也可以结合鸽舍整体情况辅助判断。潮湿拥挤的饲养环境更容易助长球虫的滋生传播。确诊之后做好鸽舍的清扫消毒工作，配合对应的调理方案。日常维持干燥通风的饲养环境，可以降低鸽群整体感染发病的概率。
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