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芙蓉鸟的性别可以通过二次性征来区分。 雄性芙蓉鸟头部和颈部的羽毛颜色较为鲜艳，颜色比雌性更加明亮，而雌性芙蓉鸟头部和颈部的羽毛颜色较为暗淡。此外，雌性芙蓉鸟的头部和颈部还可能具有比雄性更多的白色或者浅灰色羽毛。
芙蓉鸟鸟龄越小的雌雄辨别越难，金丝雀雏鸟是较难分辨雌雄的，雄性金丝雀的体型要比雌性的大，它们的叫声也是有一定差别的，雄鸟的叫声悠扬动听，雌鸟鸣声较单调。
3—4月龄雏鸟基本辨别雌雄，但即使是老饲养者，辨别时亦往往发生错误，因此龄其生殖器并未完全发育。
具体的辨别方法是：将芙蓉鸟捉住在右手手掌中后，再用左手食指压住尾羽，用口吹开腹部羽毛，在其腹部下端可见一排泄腔口(肛门)，吹气后腔口会一张一合，若腔口向上隆起则为雄鸟，若腔口平坦则为雌鸟。
发育完全的雌雄芙蓉鸟(5—6 月龄)极易辨别。再者，一般雄鸟从排泄腔口(肛门)到胸廓下缘(即整个腹部)距离较短，雌鸟则较长，在发情期更为明显。
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