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由于基因的遗传问题，导致了三花猫基本上都是母的，而成为公猫的几率仅有40万分之一。哺乳动物的雌性有两条X染色体，雄性只有一条X染色体，猫咪也是一样，母猫也带有两条X染色体基因，毛色上可以显示出红、黑两种颜色，而公猫只有一条X染色体，所以只能显示出红、黑中的一种颜色。
当三花的公猫拥有了两条X染色体之后，它们的第23对染色体就存在了异常了，相比正常公猫的XY基因图谱，三花公猫的基因图谱却是XXY。人类的这种病的发病率大约为1%-2%，出现在人类中为1/1000比例，而出现在猫咪身上的概率就更加小了。
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